Ladoksystemet ägs av högskolorna tillsammans genom ett konsortium. För närvarande ingår 37 högskolor i konsortiet, samt Centrala studiestödsnämnden (CSN).
Konsortiets högsta beslutande organ är stämman och företräds av en styrelse som utses av stämman. Styrelsen har det övergripande ansvaret för konsortiets samlade verksamhet och arbetar i huvudsak med strategiska, principiella och ekonomiska frågor.
Konsortiet leds av en konsortiechef som utses av styrelsen. Konsortiechefen ansvarar i sin tur inför styrelsen för förvaltningen av Ladokkonsortiet, verksamhet och budget. Vilka befogenheter konsortiechefen har fastställs i delegationsordningen som beslutas av styrelsen.
Systemutvecklingen sker gemensamt för alla högskolor, men varje högskola äger och ansvarar för innehållet i sitt eget register. Den verksamhetsnära gemensamma förvaltningen av Ladok hanteras av Ladokkonsortiet som även . ansvarar för driften av nya Ladok.